蛋白质组中心筹建于2021年，拥有国际领先的、由Orbitrap Exploris 480 质谱仪、高场非对称波形离子迁移谱接口和Vanquish NEO超高效色谱系统组成的液相色谱串联质谱系统（LC/LC-MS/MS），具有以高通量、高灵敏度、高覆盖率为特点的蛋白质组学和代谢组学分析技术，与此同时，平台正在现有技术的基础上，积极开发基于质谱的新的组学研究方法和分析策略，如针对单细胞、各种微量血细胞、血小板和外泌体的超敏蛋白质组学分析和应用方法，力争构建更快、更灵敏、更自动化、更高效、更全面的质谱技术平台。蛋白质组中心主要开展以下研究：

蛋白质组学研究：利用超高扫描速度、超高灵敏度的质谱仪,采用多馏分、长梯度的实验策略，从而达到鉴定尽可能多的蛋白个数和修饰位点个数，实现常规细胞、组织等样本的蛋白质组学和修饰组学的高深度研究。并通过同位素标记法，同时对多种不同中蛋白质的进行定量，提高通量的同时，实现了对蛋白的精准定量分析。研究方法可应用于从疾病的发生发展到疾病诊疗的全过程。

代谢组学研究：采用 LC-MS技术，无偏向性的检测细胞、组织、器官或者生物体内受到刺激或扰动前后所有小分子代谢物的动态变化，并通过生信分析筛选差异代谢物，对差异代谢物进行通路分析，揭示其变化的生理机制。

血浆生物标记物的研发：通过高分辨率的、基于碱性液相色谱的血浆肽段预分馏技术，实现了对低丰度血浆蛋白的高倍富集，并结合前期开发的高效液相色谱串联超高分辨率质谱技术，实现了对微量血浆的深度蛋白质组学检测，为血浆生物标记物的研发提供强大的技术支持。