细胞生态海河实验室实行政府所有、实体化建设、独立法人运作，前期依托中国医学科学院血液病医院（中国医学科学院血液学研究所）筹建。

设理事会，为实验室最高决策机构，代表细胞生态海河实验室产权所有者独立地使用权利。负责决策发展战略、发展领域、资金投向、重大项目、科研人员管理等重大问题。

实验室实行主任负责制，由理事会聘任和考核，负有履行实验室建设和管理的全面责任和权力。

实验室设立学术咨询委员会，作为开展总体建设布局和科研学术活动的咨询评议机构。由国内外著名专家组成，进行学术咨询和指导，负责向理事会提供有关创新研究方向、重点发展领域、重大研究任务和目标等学术问题的咨询意见和建议，指导和把握实验室科研方向，进行学术工作评估。

实验室设立伦理委员会审查试验方案及相关文件、获得和记录受试者知情同意所用的方法和材料等，确保受试者的权益和安全。

实验室设立党务管理、科研管理、人事人才、资产管理、财务管理和后勤保障等部门负责海河实验室的日常运行和管理工作。